สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดจันทบุรี มีอำนาจหน้าที่ดังนี้
1. ศึกษา วิเคราะห์และจัดทำยุทธศาสตร์การพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์ของจังหวัดและกลุ่มจังหวัด แผนพัฒนาการเกษตรรายสินค้า แผนบูรณาการการพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์ของจังหวัด และการจัดทำงบประมาณด้านการเกษตรและสหกรณ์ของจังหวัด
2. ศึกษา วิเคราะห์ และจัดทำแผนปฏิบัติการโครงการพัฒนาด้านการเกษตรและสหกรณ์ของจังหวัด กำกับการบูรณาการ และติดตามการใช้งบประมาณของส่วนราชการในสังกัดกระทรวงในจังหวัด
3. กำกับ ดูแล ควบคุม ประสาน ติดตาม และประเมินผลสัมฤทธิ์ของการปฏิบัติงานตามแผนงานและโครงการพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์ในจังหวัด
4. ดำเนินงานโครงการพิเศษ โครงการในพระราชดำริ งานช่วยเหลือเกษตรกร งานภัยพิบัติการเตือนการระบาดและเฝ้าระวัง และเตือนภัยสินค้าเกษตรในจังหวัด
5. กำกับดูแล ควบคุม และพัฒาข้าราชการและลูกจ้างในสังกัดกระทรวงในจังหวัด
6. ประชาสัมพันธ์และเผยแพร่การพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์ของจังหวัดให้เป็นศูนย์ข้อมูลและศูนย์แม่ข่ายข้อมูลด้านการเกษตรและสหกรณ์ของจังหวัด
7. กำกับดูแลหน่วยงานในสังกัดกระทรวงดำเนินการให้เป็นไปตามกฎหมาย
8. ดำเนินการให้เป็นไปตามที่กฎหมายกำหนด
9. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย