คณะรัฐมนตรีมีมติ เมื่อวันที่ ๑๓ กันยายน ๒๕๓๗ เห็นชอบตามที่กระทรวงเกษตรและสหกรณ์เสนอให้จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดเป็นราชการส่วนภูมิภาคสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ สำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. ๒๕๓๗ โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่มที่ ๑๑๒ ตอนที่ ๖ก วันที่ ๗ กุมภาพันธ์ ๒๕๓๘ หน้า ๗
สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดกาญจนบุรี ได้จัดตั้งขึ้น เมื่อวันที่ ๙ มกราคม ๒๕๔๑ โดยมีสำนักงานตั้งอยู่ที่ สำนักงานจัดรูปที่ดินจังหวัดกาญจนบุรี อำเภอท่าม่วง จังหวัดกาญจนบุรี เป็นสำนักงานชั่วคราว ปัจจุบันได้ย้ายสถานที่ทำการมาตั้งอยู่ที่ ศาลากลางจังหวัดกาญจนบุรี เมื่อวันที่ ๑ ตุลาคม ๒๕๔๑ ทำหน้าที่เป็นผู้แทนกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ในการบริหารงานส่วนภูมิภาค