การให้ปุ๋ยในระบบน้ำ (Fertigation) คือ วิธีการให้ปุ๋ยอีกวิธีหนึ่ง เป็นการให้ปุ๋ยร่วมกับการให้น้ำในระบบเดียวกัน โดยผสมปุ๋ยที่ละลายน้ำได้หมดลงไปในระบบน้ำ ตั้งแต่การให้น้ำในระบบน้ำหยด (Drip Irrigation) หรือ ระบบมินิสปริงเกลอร์ (Mini Sprinkler) เมื่อพืชได้รับน้ำก็จะเป็นตัวนำพาธาตุอาหารไปยังรากพืชโดยตรง จึงทำให้ต้นพืชได้รับทั้งน้ำและธาตุอาหารในปริมาณที่เหมาะสมอย่างต่อเนื่องในเวลาเดียวกัน นอกจากนี้ ยังสามารถใส่สารเคมีป้องกันศัตรูพืชลงไปในระบบนี้ได้ด้วยเช่นกัน

การใหัปุ๋ยในระบบน้ำ (Fertigation) ดียังไง? คำตอบคือระบบนี้เป็นการผสมผสานระหว่างการให้น้ำและการให้ปุ๋ยในคราวเดียวกัน ผ่านระบบน้ำหยดหรือมินิสปริงเกลอร์ ช่วยให้พืชได้รับน้ำและธาตุอาหารในปริมาณที่แม่นยำ สม่ำเสมอ และสอดคล้องกับช่วงการเจริญเติบโต ซึ่งไม่เพียงเพิ่มประสิทธิภาพในการดูดซึมของรากพืชเท่านั้น แต่ยังลดการสูญเสียธาตุอาหารจากการชะล้าง และช่วยลดต้นทุนการใช้ปุ๋ยลงได้ โดยบางกรณีสามารถลดปริมาณการใช้ปุ๋ยได้ถึง 50 เปอร์เซ็นต์เลยทีเดียว

นอกจากนี้ ข้อดีของการใหัปุ๋ยในระบบน้ำยังสามารถช่วยปรับในเรื่องของความเข้มข้นของปุ๋ยได้ทันที โดยดูตามความต้องการของพืชและตามสภาพอากาศ เพราะการให้ปุ๋ยด้วยวิธีนี้จะให้ทีละน้อยๆ แต่บ่อยครั้งจึงช่วยให้ปุ๋ยไม่เกิดการสะสมในดิน จึงทำให้เมื่อมีการปรับเปลี่ยนปุ๋ย พืชจึงสามารถตอบสนองได้เร็วกว่าการใส่ปุ๋ยทีละมากๆ  

การให้ปุ๋ยในระบบน้ำ ยังถือว่าเป็นการให้ปุ๋ยที่มีประสิทธิภาพสูง เพราะพืชจะได้รับปุ๋ยมากกว่าวิธีการให้อื่นๆ และยังช่วยลดการสูญเสียจากการขนปุ๋ยเข้าไปในแปลงได้อีกด้วย