จากพระราชกฤษฏีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ.2538 ได้กำหนดให้จัดตั้ง สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด เป็นราชการส่วนภูมิภาคตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 112 ตอน 6ก. วันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2538

สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดสมุทรปราการ ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 23 มกราคม 2540 ตั้งที่อาคารกองสำรวจแหล่งประมงนอกน่านน้ำ ต.ปากน้ำ อ.เมือง จ.สมุทรปราการ ปัจจุบันได้ย้ายมาอยู่ที่อาคารเลขที่ 31/1 ถ.ศรีสมุทร ต.ปากน้ำ อ.เมือง จ.สมุทรปราการ