คณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 20 สิงหาคม 2534 อนุมัติความเห็นของ อ.ก.พ. วิสามัญเกี่ยวกับการแบ่งส่วนราชการระดับต่ำกว่ากรมตามหนังสือ สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีที่ นร 0203/14053 ลงวันที่ 27 สิงหาคม 2534 โดยเห็นสมควรสนับสนุนในหลักการให้จัดตั้ง "สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด" เป็นผู้แทนกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ในส่วนภูมิภาค สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เพื่อให้การบริหารงานของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ในส่วนภูมิภาคมีประสิทธิภาพ สำหรับการจัดตั้งนั้น ได้แบ่งออกเป็น 2 ระยะ คือ ระยะทดลองการปฏิบัติงานและระยะการจัดตั้งอย่างเป็นการถาวร

ระยะทดลองการปฏิบัติงาน ได้จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์ใน 4 จังหวัด ที่ตั้งของสำนักงานเกษตรภาค คือ จังหวัดเชียงใหม่ จังหวัดขอนแก่น จังหวัดชัยนาทและจังหวัดสงขลา

ระยะจัดตั้งอย่างเป็นทางการ  กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ร่วมกับสำนักงาน ก.พ. ประเมินผลการปฏิบัติงานของสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด ทั้ง 4 จังหวัด ผลการปฏิบัติงานเป็นที่น่าพอใจ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จึงได้นำเรื่องขออนุมัติคณะรัฐมนตรีขอตั้งเป็นทางการต่อไป และได้รับการจัดตั้งเป็นทางการเมื่อวันที่ 8 กุมภาพันธ์ 2538 ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ.2538 (ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่ม 112 ตอนที่ 6 ก ลงวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2538) โดยกระทรวง  เกษตรและสหกรณ์ ได้จัดตั้งครั้งแรก 8 จังหวัด ตามคำสั่งสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ที่ 154/2538 ลงวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2538 และได้จัดตั้งเพิ่มเติมอีก 12 จังหวัด ในปีงบประมาณ 2538 ตามคำสั่งสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ที่ 586/2538 ลงวันที่ 31 สิงหาคม 2538 ต่อมาในปี 2539 ได้จัดตั้งเพิ่มเติมอีก 30 จังหวัด และจังหวัดที่เหลือได้จัดตั้งแล้วเสร็จในปี 2540

สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดตราด ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 2 ตุลาคม 2540 โดยมีสำนักงาน (ชั่วคราว) อยู่ที่ 352/23 ถนนริมเขื่อนชลประทาน ตำบลวังกระแจะ อำเภอเมืองตราด จังหวัดตราด และต่อมาใน เดือนพฤษภาคม 2541 ได้ย้ายสำนักงานเข้ามาที่ศาลากลางจังหวัดตราด (ชั้น 2) ถนนราษฎร์นิยม อำเภอเมืองตราด จังหวัดตราด จนถึงปัจจุบัน