หนอนเจาะดอกมะลิ เป็นแมลงศัตรูที่สำคัญที่สุดของมะลิ จะเข้าทำลายดอกมะลิตั้งแต่ระยะเป็นดอกตูมขนาดเล็ก ซึ่งเกษตรกรสามารถสังเกตลักษณะการเข้าทำลายของหนอนได้ จากอาการของดอกมะลิเป็นรอยช้ำ

จะเห็นมูลของหนอนเป็นขุยๆ อยู่ภายใต้ดอก สีของดอกมะลิจะเปลี่ยนเป็นสีม่วง สีน้ำตาลแห้ง เหี่ยวแห้ง และร่วงหล่น กรณีถ้าต้นมะลิไม่มีดอก หนอนจะเข้าทำลายกัดกินใบอ่อนหรือยอดอ่อน ถ้าหนอนระบาดหนักจะไม่มีดอกมะลิให้เหลือเก็บขายได้ หนอนเจาะดอกมะลิยังดื้อยาฆ่าหนอนได้ง่าย

เมื่อเกษตรกรพ่นสารฆ่าแมลงเพื่อกำจัดแมลงลงไปในแปลง จะมีแมลงอยู่จำนวนหนึ่งที่ไม่ตาย เนื่องจากแมลงมีความแข็งแรงอยู่แล้ว หรืออาจจะหลบหลีกได้ทันและสัมผัสกับสารฆ่าแมลงได้เพียงเล็กน้อย หรือแมลงสามารถสลายพิษได้ทัน จึงไม่ตายและดำรงชีวิตอยู่ได้ เมื่อมีการพ่นสารฆ่าแมลงชนิดเดิมอีกครั้งแมลงที่รอดมาจากครั้งที่แล้ว ก็จะทนทานอยู่ได้และสามารถถ่ายทอดลักษณะเด่นนั้นไปสู่รุ่นลูก ซึ่งแมลงรุ่นลูกนี้จะทนทานสารเคมีได้มากกว่ารุ่นพ่อแม่เสียอีก จึงเป็นที่มาของการระบาดอย่างรุนแรง

แนวทางในการป้องกันและกำจัดหนอนเจาะดอกมะลิ หากพบการเข้าทำลายของหนอน ให้เกษตรกรพ่นด้วยสารฆ่าแมลงฟิโพรนิล 5% เอสซี อัตรา 40 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารคลอร์ไพริฟอส 40% อีซี อัตรา 80 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร เมื่อพบการระบาดให้เกษตรกรพ่นสารทุก 4 วัน และไม่ควรพ่นสารฆ่าแมลงชนิดเดียวติดต่อกันหลายครั้ง เพราะจะทำให้หนอนเจาะดอกมะลิสามารถสร้างความต้านทานต่อสารฆ่าแมลงชนิดนั้นได้รวดเร็วและหลายชนิด  แต่การใช้สารเคมีป้องกันโรค เมื่อใช้ไปนานๆ จะก่อเกิดการดื้อยา  มีความสม่ำเสมอทางพันธุกรรม เป็นเหตุให้เชื้อมีการปรับตัว เพื่อความอยู่รอดของเชื้อเอง