คณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 20 สิงหาคม 2534 อนุมัติให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดใน 4 จังหวัด ที่มีสำนักงานเกษตรภาคตั้งอยู่คือ จังหวัดเชียงใหม่ จังหวัดขอนแก่น จังหวัดชัยนาท  และจังหวัดสงขลา

ต่อมาในปี 2537 การประเมินผลการปฏิบัติงานของสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดทั้ง 4 แห่ง โดยสำนักงาน ก.พ. ร่วมกับ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้ผลในระดับที่พอใจ จึงได้ยุบเลิกสำนักงานเกษตรภาคทั้ง 4 แห่ง และเกลี่ยอัตรากำลังไปปฏิบัติงานในสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด ทั้งนี้คณะรัฐมนตรีจึงได้มีมติเมื่อวันที่ 13 กันยายน 2537 เห็นชอบให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดเป็นการถาวร โดยให้กำกับดูแลและประสานงานด้านปฏิบัติการ โครงการพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์ของหน่วยงานในสังกัดกระทรวงเกษตร และสหกรณ์ภายในจังหวัดนั้นๆ

กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้ จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดขึ้น เป็นราชการบริหารส่วนภูมิภาค  สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2538 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกาเล่ม 112 ตอนที่ 6 ก. ลงวันที่ 7 กุมภาพันธ์  2538 สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดสมุทรสงคราม ได้จัดตั้งในปี พ.ศ. 2539