โรคลำต้นจุดสีน้ำตาลและผลเน่า(เชื้อรา Neoscystalidium dimidiatum) อาการเริ่มแรกที่กิ่งและผลเป็นจุดสีเหลือง จากนั้นจะพัฒนาเป็นตุ่มนูนเล็กๆ สีน้ำตาลคล้ายสีสนิมเหล็ก บางครั้งพบแผลสีเหลืองฉ่ำน้ำ เมื่ออาการรุนแรงแผลจะเน่า โดยถ้าเป็นที่กิ่งจะทำให้เนื้อเยื่อตรงแผลหลุดเห็นเป็นรู หรือเว้าแหว่ง สำหรับที่ผล ถ้าอาการรุนแรงจะทำให้กลีบผลไหม้แห้งเป็นสีดำ และผลเน่าในที่สุด
โรคเน่าเปียก (wet rot) โรคผลเน่า (Fruit rot) โรคลำต้นจุด (Stem spot) และโรคแอนแทรคโนส (Anthracnose) บนลำต้น
จากการศึกษาจำแนกชนิดสาเหตุโรคของแก้วมังกรพบเชื้อสาเหตุดังนี้ โรคเน่าเปียกพบสาเหตุคือ รา Chaonephora sp. และ Aspergillus niger พบราทั้งสองชนิดนี้เข้าทำลายส่วนของดอกแก้วมังกร โรคผลเน่าพบการเข้าทำลายของราแตกต่างกันไป ได้แก่ Bipolaris cactivora, Colletotrichum capsici, C. gloeosporioides และ Dothiorella sp. เข้าทำลายที่ผลของแก้วมังกรทำให้เกิดโรคผลเน่า และรา C. capsici มีเปอร์เซ็นต์การเกิดโรคและความรุนแรงของโรคมากที่สุดเท่ากับ 32.50 และ 10.00 เปอร์เซ็นต์ ตามลำดับ สำหรับการศึกษาโรคลำต้นจุดได้จำแนกชนิดเชื้อสาเหตุคือ รา Dothiorella sp. จากการศึกษาโรคนี้มีความรุนแรงต่อการผลิตแก้วมังกรมากพบการเกิดโรคและความรุนแรงของโรคมากที่สุดในจังหวัดจันทบุรี มีเปอร์เซ็นต์การเกิดโรค และความรุนแรงของโรคเท่ากับ 65.30 และ 82.50 เปอร์เซ็นต์ ตามลำดับ ส่วนโรคแอนแทรคโนสที่เกิดบนลำต้นสาเหตุเกิดจาก C. gloeosporioides พบเปอร์เซ็นต์การเกิดและความรุนแรงของโรคน้อยกว่าโรคผลจุด จากการศึกษาครั้งนี้ได้ทำการพิสูจน์โรคผลเน่าที่เกิดจากราสาเหตุทั้ง 4 ชนิด โรคลำต้นจุด และโรคแอนแทรคโนสที่เกิดบนลำต้น พบว่าราสามารถทำให้เกิดโรคที่ผลและลำต้นของแก้วมังกร
การจัดการโรค
๑. เลือกใช้ต้นพันธุ์ที่แข็งแรงปลอดโรค
๒. ลดการให้ปุ๋ยไนโตรเจน เนื่องจากเป็นพืชอวบน้ำ อาจทำให้พืชอ่อนแอเกิดโรคง่ายขึ้น
๓. หมั่นกำจัดวัชพืชในแปลงปลูก เพื่อลดความชื้น
๔. งดให้น้ำช่วงบ่ายหรือเย็น ให้เฉพาะช่วงเช้า เพื่อลดความชื้นสะสมในทรงพุ่ม
๕. ตรวจแปลงอย่างสม่ำเสมอ เมื่อพบโรคตัดแต่งส่วนที่เป็นโรคอย่างระมัดระวังให้มีแผลน้อยที่สุด การตัดแต่งกิ่งควรตัดตรงส่วนที่เป็นรอยต่อของข้อระหว่างกิ่ง แล้วนำส่วนที่เป็นโรคไปทำลายนอกแปลงปลูก
๖. ไม่นำเครื่องมือตัดแต่งที่ใช้กับต้นเป็นโรค ไปใช้ต่อกับต้นปกติ และควรทำความสะอาดเครื่องมือก่อนนำไปใช้ใหม่ทุกครั้ง
๗. เมื่อพบโรคเริ่มแสดงอาการ ให้ตัดแต่งกิ่งที่เป็นโรคนำออกไปทำลายนอกแปลงปลูก แล้วพ่นด้วยสารป้องกันกำจัดโรคพืช โพรคลอราซ ๔๕% อีซี อัตรา ๒๐ มิลลิลิตรต่อน้ำ ๒๐ ลิตร หรือ แมนโคเซบ ๘๐% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา ๕๐ กรัมต่อน้ำ ๒๐ ลิตร หรือ อะซอกซีสโตรบิน + ไดฟีโนโคนาโซล ๒๐% + ๑๒.๕% เอสซี อัตรา ๒๐ มิลลิลิตรต่อน้ำ ๒๐ ลิตร พ่นให้ทั่วต้น ทุก ๕-๗ วัน จำนวน ๔ ครั้ง และพ่นอีกครั้งในระยะติดดอก โดยพ่นให้ทั่วต้น ทุก ๗ วัน จำนวน ๓ ครั้ง
กิ่งที่แตกใหม่ ถ้าพบอาการจุดขาว เล็กๆ ต้องรีบพ่นสารป้องกันกำจัดโรคพืชเพราะเป็นอาการเริ่มแรกของโรค สารเคมีที่พ่นได้แก่ โปรคลอราซ หรือ อะซอกซีสโตรบิน + ไดฟีโนโคนาโซล ทุุก 5-7 ครั้ง สลับกับแมนโคเซบ พ่นติดต่อกัน เพราะบางครั้งกิ่งใหม่ที่แตกออกมาก็เป็นโรคโดยแสดงอาการจุดขาวเล็ก ๆ ก่อน คืออาการเริ่มต้นของโรค ต้องรีบพ่่นสารเคมี