การเกษตรในประเทศไทยได้มีบันทึกเป็นหลักฐานไว้ในศิลาจารึกในสมัยสุโขทัย (เริ่มตั้งแต่ พ.ศ. 1800) ซึ่งแสดงให้เห็นว่าพ่อขุนรามคำแหง ทรงมีรัฐประศาสโนบายส่งเสริมการเกษตรหลายประการ ที่สำคัญคือ การให้ประชาชนมีอิสระในการประกอบอาชีพตามความถนัด และที่ดินที่มีการปลูกสร้างทำประโยชน์ก็จะตกเป็นกรรมสิทธิ์แก่ผู้ที่ปลูกสร้าง และให้เป็นมรดกตกทอดไปถึงยังลูกหลานในสมัยนั้นมีความอุดมสมบูรณ์ มีน้ำสะอาดสำหรับบริโภคตลอดทั้งปี และเพียงพอสำหรับใช้ในการเกษตร

  มีการสันนิษฐานว่าพ่อขุนรามคำแหงทรงจัดการชลประทานช่วยเหลือการเพาะปลูก เช่น การขุดเหมืองฝายฝังท่อไขน้ำจากลำธารบนภูเขา มาสู่ตัวเมืองสุโขทัย และทรงสนับสนุนให้มีการปลูกป่าทำสวนโดยทั่วไป เช่น ทรงปลูกป่าตาลขึ้น และใช้ป่าตาลนั้นเป็นสถานที่ให้พระสงฆ์แสดงธรรมในวันธรรมสวนะ และเป็นที่เสด็จออกว่าราชการในวันปกติ อันเป็นพระบรมราโชบายที่จะอบรมพสกนิกรให้มีนิสัยรักป่า รักสวน และรักการปลูกสร้างไปด้วยในตัว

    หน่วยงานที่รับผิดชอบด้านกิจกรรมทางการเกษตร เริ่มมีปรากฏชัดในสมัยกรุงศรีอยุธยา (เริ่มตั้งแต่ พ.ศ. 1893) นั่นคือ กรมนา ซึ่งเป็นกรมหนึ่งในการปกครองแบบจตุสดมภ์ อันประกอบด้วย กรมเมือง กรมวัง กรมคลัง และกรมนา กรมในจตุสดมภ์นั้น มีความหมายเช่นเดียวกับกระทรวงในสมัยโบราณ

    ดังนั้น ในประกาศและพระราชบัญญัติเก่าๆ จึงมีเรียก กรมเกษตราธิการ กระทรวงนา กระทรวงเกษตราธิการ ซึ่งหมายถึงกรมนาในจตุสดมภ์นั่นเอง โดยมีขุนเกษตราธิบดี ดำรงตำแหน่งเสนาบดีกรมนา ต่อมาในรัชสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ (พ.ศ. 1991-2031) ได้พระราชทานนามเสนาบดีจตุสดมภ์ใหม่ โดยให้เสนาบดีกรมนาเป็นพระเกษตราธิบดี และในพระราชพงศาวดารต่อๆ มา ปรากฏนามเสนาบดีกรมนาในพระธรรมนูญตรากระทรวง พ.ศ. 2178 ในแผ่นดินพระเจ้าปราสาททองว่า เจ้าพระยาพลเทพเสนาบดีศรีไชยนพรัตน์เกษตราธิบดี อภัยพิริยบรากรมพาหุ ซึ่งใช้นามนี้มาโดยตลอดจนถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ เข้าสู่สมัยกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ 4 ได้ทรงแก้ไขนามเจ้าพระยาพลเทพใหม่ว่า เจ้าพระยาพลเทพ สรรพพลเสพย์เสนาบดี ศรีพิไชยราชมหัยสวรรย์ อเนกานันตธัญญาหารพิจารณ์ปฏิพัทธ์ นพรัตน์มุรธาธร มหิศรสมุหเชษฐ์เกษตราธิบดี อภัยพิริยบรากรมพาหุ ด้านบทบาทหน้าที่ของกรมนา มีหลักฐานปรากฎครั้งแรกในกฎหมายลักษณะเบ็ดเสร็จ ซึ่งตราขึ้นในแผ่นดินสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 (อู่ทอง) แห่งกรุงศรีอยุธยา ตามพระราชกฤษฎีกามีบทบัญญัติมาตราต่างๆ ให้กรมนามีหน้าที่ป้องกันและระงับข้อพิพาทของราษฎรเกี่ยวกับเรื่องข้าว พืชผลในไร่นา และสัตว์พาหนะ ซึ่งนับเป็นการบำรุงการเกษตรที่สำคัญประการหนึ่ง กรมนามีบทบาทมากขึ้นในพระธรรมนูญตรากระทรวง ซึ่งตราขึ้นในแผ่นดินพระเจ้าปราสาททอง แห่งกรุงศรีอยุธยา ให้กรมนามีหน้าที่คิดจัดการที่ดินที่รกร้างว่างเปล่าให้กลับมามีประโยชน์มากขึ้น จัดการเกี่ยวกับการชลประทานและสัตว์พาหนะ เก็บหางข้าวขึ้นฉางหลวง ซึ่งเป็นราชการสำคัญ จัดการเกี่ยวกับการพระราชทานที่ดิน ระงับการวิวาทในเรื่องที่ดิน รวมถึงตั้งกรมการนาออกไปประจำอยู่ตามหัวเมืองต่างๆ เพื่อรักษาการดังกล่าวข้างต้น พร้อมทั้งระบุถึงตราประจำตำแหน่งเจ้าพระยาพลเทพทั้ง 9 ดวงนั้น ให้ใช้สำหรับหน้าที่ที่แตกต่างกัน จนเข้าสู่รัชสมัยรัชกาลที่ 5 หน้าที่ของกรมนามีปรากฏอยู่ว่า ตำแหน่งราชการกรมนานี้มีพนักงานที่จะต้องตั้งข้าหลวงเสนาออกเดินรังวัด ประเมินนาของราษฎร เก็บเงินค่านาเป็นราชทรัพย์ของหลวง และระงับข้อพิพาทของราษฎรที่เกี่ยวกับเรื่องที่นา ซื้อข้าวขึ้นคงฉางหลวงสำหรับพระนคร และจ่ายข้าวเป็นเสบียงในราชการทั่วไป .

     ในต้นรัชกาลที่ 5 เป็นยุคของการเริ่มปรับปรุงส่วนราชการ และจัดตั้งกระทรวงต่างๆ ขึ้น เพื่อให้การดำเนินการไปสู่ความเจริญก้าวหน้า กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้รับการปรับปรุงเป็นครั้งแรกในยุคนี้เช่นกัน โดยปรับปรุงจากกระทรวงเกษตราธิการ (กรมนา) เป็นกระทรวงเกษตรพนิชการ หน้าที่ของกระทรวงเกษตรพนิชการนี้ ได้เพิ่มบทบาทด้านการบำรุงส่งเสริมการกสิกรรมขึ้นเป็นครั้งแรก นอกเหนือจากหน้าที่เดิมของกรมนาที่เกี่ยวข้องกับที่นา ภาษีอากร และการจัดหาเสบียงอาหารเป็นหลัก รวมทั้งมีการขยายงานกว้างออกไป เช่น การตั้งเจ้าพนักงานการทำแร่ในหัวเมืองต่างๆ การขุดคูคลอง การจัดกรรมสิทธิ์ที่ดิน ซึ่งมีการจัดทำร่วมกับกรมแผนที่ ขยายการทำแผนที่รังวัดรายละเอียดขึ้นเป็นครั้งแรก เพื่อการจัดทำโฉนดที่ถูกต้องไว้เป็นหลักฐาน นอกจากนี้ยังดำเนินการเกี่ยวกับการชั่ง ตวง วัด รวมไปถึงการเก็บค่านา การจัดการสัตว์พาหนะ การจัดสิ่งของออกไปตั้งแสดงในพิพิธภัณฑ์ที่สหรัฐอเมริกา และการจัดการน้ำอุดหนุนสำหรับการทำนาและการเพาะปลูก ตลอดจนการจัดตั้งกองกสิกรรมขึ้น เพื่อทำหน้าที่ตรวจการต่างๆ แล้วนำเสนอรายงานต่อกระทรวง ต่อมาใน พ.ศ. 2439 กระทรวงเกษตรพนิชการ ย้ายไปเป็นกรมเกษตรากร ในสังกัดกระทรวงพระคลัง และในปีเดียวกันนี้ ได้มีการสถาปนากรมป่าไม้ขึ้น แต่อยู่ในสังกัดกระทรวงมหาดไทย

     ใน พ.ศ. 2441 มีการประกาศตั้งกรมเกษตรากรขึ้นเป็นกระทรวงเกษตราธิการเช่นเดิมและย้ายกรมเกษตรากร กรมแผนที่ และกรมแร่กลับมาอยู่ในสังกัดตามเดิมด้วย หน้าที่ของกระทรวงเกษตราธิการ แบ่งออกเป็นงานดูแล และส่งเสริมการเกษตรด้านต่างๆ อาทิ

1. งานด้านการชลประทาน มีการจัดทำข้อตกลงความร่วมมือกับรัฐบาลประเทศเนเธอร์แลนด์ในการพิจารณาวางโครงการชลประทานในประเทศไทย และจัดตั้งกรมคลองขึ้น เมื่อ พ.ศ. 2445 เพื่อทำการตรวจระดับพื้นที่สำหรับการชลประทานโครงการที่สำคัญ ได้แก่ สกีมชัยนาท หรือโครงการเขื่อนเจ้าพระยาในปัจจุบัน ต่อมามีการยกกรมคลองไปขึ้นอยู่กับกระทรวงโยธาธิการ และเปลี่ยนชื่อเป็นกรมทาง ทำหน้าที่สร้างเส้นทางคมนาคมทางบก และทางน้ำ ส่วนการสร้างคลองเพื่อประโยชน์ด้านการเพาะปลูกให้อยู่ในหน้าที่ของเสนาบดีกระทรวงเกษตราธิการ และต่อมามีการรวมกิจการของกรมคลองเก่า โดยเปลี่ยนชื่อเป็นกรมทดน้ำ และเปลี่ยนมาเป็นกรมชลประทาน เมื่อ พ.ศ. 2470 ตามลำดับ

2. งานด้านการเพาะปลูก ให้ความสำคัญในเรื่องของไหมก่อน โดยร่วมมือกับผู้เชี่ยวชาญจากประเทศญี่ปุ่น ในการทดลองเพาะเลี้ยงไหม และเผยแพร่วิธีการเลี้ยงไหมให้กับคนไทย และจัดตั้งกรมช่างไหมขึ้นมาดูแล ซึ่งต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นกรมเพาะปลูกใน พ.ศ. 2451 มีการจัดการประกวดพันธุ์ข้าวทั่วราชอาณาจักรขึ้นเป็นครั้งแรก เมื่อ พ.ศ. 2453 ในงานแสดงกสิกรรมและพานิชการ

3. งานด้านการปศุสัตว์ มีการดำเนินการต่างๆ เช่น สร้างสถานีผสมพันธุ์สัตว์ ส่งเสริมและให้คำแนะนำแก่ประชาชนทั่วไปในการเลี้ยงสุกร เป็ด ไก่ รวมถึงจัดตั้งโรงเรียนสัตวแพทย์ขึ้นในกรมเพาะปลูก เมื่อ พ.ศ. 2457 เพื่อดำเนินการป้องกันโรคระบาดในสัตว์เลี้ยง พ.ศ. 2464 ได้โอนกรมป่าไม้จากกระทรวงมหาดไทยมาสังกัดกระทรวงเกษตราธิการ และจัดตั้งกรมรักษาสัตว์น้ำขึ้นอีกกรมหนึ่ง เมื่อ พ.ศ. 2468 นอกจากนี้ ได้รวมกรมแผนที่ กรมราชโลหกิจ และภูมิวิทยา ในสังกัดกระทรวงมหาดไทย ตั้งขึ้นเป็นกรมทะเบียนที่ดินด้วย

     เมื่อ พ.ศ. 2475 กระทรวงเกษตราธิการ กระทรวงพาณิชย์ และกระทรวงคมนาคม ได้รวมเข้าเป็นกระทรวงเกษตรพาณิชยการ โดยย้ายกรมทะเบียนที่ดิน กรมรังวัดที่ดิน กรมป่าไม้ และกรมราชโลหกิจ จากกระทรวงเกษตราธิการไปขึ้นอยู่กับกระทรวงมหาดไทย หลังจากที่มีรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรสยาม พ.ศ. 2475 ได้ระบุให้มีตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงต่างๆ ขึ้นแทนตำแหน่งเสนาบดี และเปลี่ยนตำแหน่งปลัดทูลฉลองเป็นปลัดกระทรวงในเวลาต่อมา

     ต่อมาได้มีพระราชบัญญัติจัดตั้งกระทรวงเกษตรและกรม พ.ศ. 2476 เปลี่ยนนามกระทรวงเกษตรพาณิชยการเป็นกระทรวงเศรษฐการ พร้อมทั้งเปลี่ยนชื่อกรมตรวจกสิกรรมเป็นกรมเกษตร กรมรักษาสัตว์น้ำเป็นกรมประมง ส่วนกรมป่าไม้ กรมทะเบียนที่ดิน กรมรังวัดที่ดิน และกรมราชโลหกิจ ซึ่งขึ้นอยู่กับกระทรวงมหาดไทยนั้นได้โอนกลับมาอยู่ในสังกัดตามเดิม โดยรวมกรมทะเบียนที่ดินและกรมรังวัดที่ดินเข้าด้วยกันเป็นกรมที่ดิน นอกจากนั้น มีการเปลี่ยนนามเกษตรมณฑล และเกษตรจังหวัดเป็นเจ้าพนักงานที่ดินมณฑล และเจ้าพนักงานที่ดินจังหวัดตามลำดับ กระทรวงเศรษฐการในสมัยนั้น ให้ความสำคัญกับหน้าที่ด้านการเกษตรเป็นอันดับแรก จึงใช้ตราพระพิรุณทรงนาค ซึ่งเป็นตราใหญ่ประจำตำแหน่งเสนาบดีกระทรวงเกษตราธิการอยู่ก่อนแล้ว มาเป็นตราประจำตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเศรษฐการด้วย จากนั้น เมื่อมีพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม แก้ไขเพิ่มเติม พ.ศ. 2477 ได้แยกกระทรวงเกษตราธิการออกจากกระทรวงเศรษฐการ ตั้งเป็นอีกกระทรวงหนึ่ง มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับการเกษตรเป็นสำคัญ

     กระทรวงเกษตราธิการ จัดตั้งขึ้นใหม่อีกครั้งเมื่อวันที่ 1 เมษายน 2478 ซึ่งต่อมามีการแยกกรมเกษตร และการประมงออกเป็นกรมเกษตร และกรมประมง แยกกรมที่ดินและราชโลหกิจเป็นกรมที่ดิน ขึ้นอยู่กับกระทรวงมหาดไทย และกรมราชโลหกิจขึ้นอยู่กับกระทรวงการเศรษฐกิจ แยกกองสัตวบาลและกองสัตวลักษณ์ออกจากกรมเกษตร จัดตั้งเป็นกรมใหม่คือ กรมปศุสัตว์และสัตว์พาหนะ และได้มีการสถาปนามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ขึ้นที่กรุงเทพมหานคร ใน พ.ศ. 2486

     สมัยจอมพล ป. พิบูลสงคราม เป็นนายกรัฐมนตรี ได้เปลี่ยนนามกระทรวงเกษตราธิการเป็นกระทรวงเกษตร พร้อมทั้งเปลี่ยนนามกรมเกษตรเป็นกรมกสิกรรม และกรมปศุสัตว์ และสัตว์พาหนะเป็นกรมการปศุสัตว์ ตลอดจนก่อตั้งกรมมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ขึ้นอีกกรมหนึ่ง ซึ่งต่อมาได้โอนไปอยู่ในสังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี นอกจากนั้น ได้แยกกรมสหกรณ์ออกมาเพื่อสถาปนาเป็นกระทรวงใหม่คือ กระทรวงการสหกรณ์ เมื่อ พ.ศ. 2495 จากนั้น มีการแยกกองการข้าวและทดลองในกรมการกสิกรรมออกไปตั้งเป็นกรมใหม่คือกรมการข้าว พร้อมทั้งเปลี่ยนกรมการกสิกรรมเป็นกรมกสิกรรม กรมการประมงเป็นกรมประมง และกรมการปศุสัตว์เป็นกรมปศุสัตว์ เมื่อมีการตั้งกระทรวงพัฒนาแห่งชาติขึ้นใหม่กรมชลประทาน และกองการกสิกรรมเคมี จึงย้ายไปสังกัดที่กระทรวงใหม่นี้ด้วย นอกจากนี้ ยังได้จัดตั้งกรมส่งเสริมการเกษตรขึ้น เพื่อสนองนโยบายในการส่งเสริมการเกษตรของประเทศให้เจริญก้าวหน้า และจัดตั้งองค์การส่งเสริมกิจการโคนมแห่งประเทศไทย (อ.ส.ค.) โดยรวมทุนกับประเทศ เดนมาร์คในการจัดตั้งฟาร์มโคนมและศูนย์อบรมขึ้นด้วย

     ในวันที่ 1 ตุลาคม 2505 มีประกาศคณะปฏิวัติฉบับที่ 216 ให้ยุบกระทรวงพัฒนาการแห่งชาติโดยโอนกรมส่งเสริม สหกรณ์ กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ กรมชลประทาน และกรมพัฒนาที่ดิน กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ กรมชลประทาน และกรมพัฒนาที่ดิน มาอยู่ในสังกัดกระทรวงเกษตร และเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น " กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ " ที่ใช้มาถึงปัจจุบัน ในช่วงเวลาเดียวกันนี้ มีการจัดตั้งกรมวิชาการเกษตรซึ่งรวมกรมกสิกรรม และกรมการข้าวเข้าด้วยกัน ตามนโยบาย ที่จะปรับปรุงระเบียบการบริหารราชการให้มีประสิทธิภาพมากขึ้น โดยการรวมหน่วยงานที่ปฏิบัติงานคล้ายคลึง กันเข้าเป็นกรมเดียวกัน นอกจากนี้ ยังมีการจัดตั้งองค์การตลาดเพื่อเกษตรกร (อ.ต.ก.) ซึ่งเป็นรัฐวิสาหกิจในสังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เพื่อให้ความช่วยเหลือแก่เกษตรกร ในด้านการผลิตและการตลาดเป็นสำคัญ การจัดตั้งสำนักงานปฏิรูปที่ดิน เพื่อการเกษตรกรรมเพื่อกระจายที่ดินให้แก่เกษตรกร ผู้เช่าหรือผู้ไร้ที่ดินให้มีที่ดินทำกินเป็นของตนเอง หรือเป็นของสถาบันเกษตรกร รวมถึงกลุ่มสหกรณ์หรือกลุ่มเกษตรกรต่างๆ ด้วย เพื่อการใช้ที่ดินให้เกิดประโยชน์ การจัดระบบการผลิต การจัดจำหน่ายผลผลิตของเกษตรกร ซึ่งเป็นการปฏิรูปเศรษฐกิจและสังคม ให้กับเกษตรกร การจัดตั้งสำนักงานเศรษฐกิจการเกษตร ตามประกาศกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ เมื่อวันที่ 9 ตุลาคม 2545 ได้กำหนดให้กระทรวงเกษตร และสหกรณ์มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับการเกษตร การเศรษฐกิจการเกษตร การปฏิรูปที่ดินเพื่อเกษตรกรรม การชลประทาน การประมง การปศุสัตว์ การป่าไม้ การพัฒนาที่ดิน และการสหกรณ์ ประกอบด้วยส่วนราชการ 14 หน่วยงาน ได้แก่ สำนักงานรัฐมนตรี สำนักงานปลัดกระทรวง กรมชลประทาน กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ กรมประมง กรมปศุสัตว์ กรมป่าไม้ กรมพัฒนาที่ดิน กรมวิชาการเกษตร กรมส่งเสริมการเกษตร กรมส่งเสริมสหกรณ์ สำนักงานการ ปฏิรูปที่ดินเพื่อการเกษตรกรรม สำนักงานเศรษฐกิจการเกษตร และสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ พร้อมทั้งรับผิดชอบรัฐวิสาหกิจอีก 7 แห่ง ได้แก่ องค์การอุตสาหกรรมป่าไม้ องค์การสวนยาง สำนักงานกองทุนสงเคราะห์การทำสวนยาง องค์การสะพานปลา องค์การตลาดเพื่อเกษตรกร องค์การส่งเสริมกิจการโคนมแห่งประเทศไทย และบริษัท ไม้อัดไทย จำกัด ในปี พ.ศ. 2546 มีพระราชกฤษฎีกา โอนกรมป่าไม้ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ไปเป็นกรมป่าไม้กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติ และสิ่งแวดล้อม โดยกำหนดให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ มีอํานาจหน้าที่เกี่ยวกับการ เกษตรกรรม การจัดหาแหล่งน้ำาและพัฒนาระบบชลประทาน ส่งเสริมและพัฒนาเกษตรกร ส่งเสริมและพัฒนาระบบสหกรณ์ รวมตลอดทั้งกระบวนการผลิตและสินค้าเกษตรกรรม และราชการอื่นที่กฎหมายกําหนด ให้เป็นอํานาจหน้าที่ของกระทรวงเกษตรและ สหกรณ์หรือส่วนราชการที่สังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ประกอบด้วยส่วนราชการ 13 หน่วยงาน ได้แก่ สำนักงานรัฐมนตรี สำนักงานปลัดกระทรวง กรมชลประทาน กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ กรมประมง กรมปศุสัตว์ กรมพัฒนาที่ดิน กรมวิชาการเกษตร กรมส่งเสริมการเกษตร กรมส่งเสริมสหกรณ์ สำนักงานการปฏิรูปที่ดินเพื่อการเกษตรกรรม สำนักงานเศรษฐกิจการเกษตร และสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหาร แห่งชาติ พร้อมทั้งรับผิดชอบรัฐวิสาหกิจอีก 5 แห่ง ได้แก่ องค์การสวนยาง สำนักงานกองทุนสงเคราะห์การทำสวนยาง องค์การสะพานปลา องค์การตลาดเพื่อเกษตรกร และองค์การส่งเสริมกิจการโคนมแห่งประเทศไทย